Tout comme les tissus porteurs de la dent naturelle, les structures supportant l’implant pour la dent artificielle peuvent souffrir d’une inflammation chronique entraînant une perte osseuse. Cette maladie porte le nom de parodontite pour la dent et de péri-implantite pour l’implant.
Cette maladie est principalement causée par une invasion microbienne orale à l'intérieur des tissus péri-implantaires provoquant une inflammation. Si l'infection n'est pas traitée, elle conduit souvent à une perte supplémentaire de tissus osseux (forme de cratères autour de l'implant) et à un risque important de perte totale de l'implant. La péri-implantite est aujourd'hui considérée comme la principale cause d’échec implantaire. Au bout de cinq ans, des péri-implantites plus ou moins prononcées peuvent être observées pour un implant sur dix.Dans ce cas là, l’infection doit être traitée.